Сектор унутрашње контроле настао је трансфoрмацијом Службе генералног инспектора (СГИ) некадашњег Ресора јавне безбедности Министарства унутрашњих послова Републике Србије. СГИ је основана 12. марта 2001. године, доношењем Правилника о раду Службе генералног инспектора РЈБ, али је процес стварног конституисања Службе започео након именовања првог генералног инспектора у јуну 2003. године.

Генерални инспекторат је променио назив у Сектор унутрашње контроле полиције ступањем на снагу Закона о полицији 2006. године којим су по први пут дефинисани задаци, надлежности и овлашћења Сектора унутрашње контроле полиције.

Доношењем новог Закона о полицији 2016. године Сектор унутрашње контроле полиције је преименован у Сектор унутрашње контроле. Новим Законом о полицији Сектор је значајно проширио своју надлежност и увео нове институте у сузбијању корупције.

Унутрашњу контролу рада полиције и других запослених у Министарству врши Сектор унутрашње контроле. Сектором унутрашње контроле руководи начелник Сектора унутрашње контроле који је уједно и помоћник министра.

Начелник Сектора унутрашње контроле редовно и периоднично подноси министру извештаје о раду Сектора унутрашње контроле, а о радњама предузетим у циљу откривања кривичних дела подноси извештаје надлежном јавном тужиоцу.

На захтев Владе и радног тела Народне скупштине надлежног за унутрашње послове, министар подноси извештај o раду Сектора унутрашње контроле.

Сектор унутрашње контроле у року од три месеца од истека календарске године, јавно објављује извештај о раду за претходну годину са основним статистичким подацима о спроведеним активностима и постигнутим резултатима.